بدأت التخزينات فى سد النهضة عام 2020 على مدار 4 سنوات مع بداية موسم الأمطار فى يوليو من كل عام، وفى كل مرة يتم رفع جسم السد الرئيسى الخرسانى على الجانبين وتتوقف كمية التخزين على مدى ارتفاع الممر الأوسط، فالتخزين الأول كان عند 565 م، والثانى 576 م، والثالث عند 600 م، والرابع عند أقل من 625 م،.
ومع هطول الأمطار تتجمع المياه أمام سد النهضة إلى أن تصل إلى قمة الممر الأوسط ثم تفيض تلقائيًا أعلى الممر، وحينئذ ينتهى التخزين لعدم وجود تصريف آخر سوى بوابتى التصريف المنخفضات وبوابتى التوربينين، وجميعهم لايستطيعوا تصريف كامل مياه الفيضان فكان لابد أن تفيض المياه أعلى الممر الأوسط، وبالتالى لم يكن هناك طريقة للتحكم الكامل فى عملية التخزين.
التخزين الخامس سوف يبدأ أعلى من منسوب 625 م، ومن المتوقع أن يصل إلى منسوب 640 م باجمالى تخزين 64 مليار م3، ولكن لأول مرة يمكن التحكم فى كمية التخزين والتى تبلغ أقصاها 23 مليار م3، حيث يمكن إمرار معظم مياه الفيضان عكس التخزينات الأربعة السابقة التى كانت إجبارية بعد رفع جسم السد، عن طريق فتح بوابات المفيض العلوية عند منسوب 625 م، لتصريف حوالى 300 مليون م3/يوم، وبوابتى التصريف المنخفضتين 150 مليون م3/يوم، وتشغيل التوربينين 50 مليون م3/يوم باجمالى قدرة على تصريف حوالى 500 مليون م3/يوم، وهذا يعادل متوسط الفيضان فى أغسطس.
كمية التخزين الخامس يمكن أن تتراوح بين عدة مليارات وقد تصل إلى 23 مليار م3 كحد أقصى، وفى هذه الحالة يكون التخزين الأخير، وتتوقف كمية المياه فى التخزين الخامس على قدرة إثيوبيا فى تركيب وتشغيل أكبر عدد من الـ 11 توربين المتبقية، وان لم تستطع تشغيلهم فليس من مصلحتها ملء الخزان كاملًا دون استفادة حيث أن ذلك يمثل ضغطًا كبيرًا على السدين الرئيسى الخرسانى والمكمل الركامى (السرج)، وفى النهاية سوف تضطر لفتح بوابات المفيض لتصريف المياه قبل موسم الأمطار التالى دون فائدة، كما كانت تفعل فى فتح بوابتى التصريف فى السنوات السابقة.
نظرا لتوقف المفاوضات وعدم وجود اتفاق يحدد كمية التخزين فإن إثيوبيا هى التى تقرر بمفردها كمية التخزين والتشغيل ومصر والسودان يراقبان، وفى جميع الأحوال فإن مصر قادرة على عدم وصول أضرار التخزين الخامس إلى المواطن المصرى بسبب السد العالى، ولكن هذا لا يمنع الحكومة المصرية القادمة من العمل جاهدة للحفاظ على الحقوق المائية المصرية.